Le funzioni portuali primarie a Messina si sostanziano prevalentemente nel traghettamento dello Stretto di Messina di passeggeri e di merci su gommato pesante, nel crocierismo, nella movimentazione lo/lo, nelle Autostrade del mare (Linea Messina-Salerno). Vi sono inoltre realtà cantieristiche navali di rilevanza nazionale, che sfruttano i due bacini di carenaggio esistenti ed attivi. Il porto dispone inoltre di un terminale commerciale multipurpose (molo Norimberga) in grado di soddisfare traffici ro/ro e lo/lo.
A nord del porto storico, invece, in località Rada San Francesco è presente l’approdo dedicato al traghettamento di passeggeri ed auto sul collegamento con il porto di Villa San Giovanni.