Il porto di Villa San Giovanni è di tipo artificiale ed è protetto da un molo foraneo rettilineo alla cui radice si trovano le invasature ferroviarie: di esse 3 sono specializzate per il servizio ferroviario ed una, quella adiacente alla stazione ferroviaria, per l’imbarco di veicoli stradali. La banchina di terra si prolunga verso nord e viene utilizzata per l’approdo di traghetti che operano per il traghettamento di passeggeri, auto e TIR lungo le direttrici per Messina e per Tremestieri.

L’imboccatura è larga 230 m, mentre le banchine misurano circa 1,2 km. I fondali sono sabbiosi e profondi tra i 5 ed i 10 m, mentre la superficie complessiva del bacino occupa circa 6,7 ha.

Il porto ha la sua funzione principale nel traghettamento delle carrozze ferroviarie su navi all’uopo costruite ed a tal fine è dotato di appositi ponti di sollevamento che consentono l’imbarco diretto. Il raccordo con la rete ferroviaria nazionale è assicurato da ampi piazzali di manovra con fasci di binari dedicati dove sono svolte le operazioni ferroviarie.

Per poter assolvere alla non meno importante funzione connessa al traghettamento di passeggeri e mezzi pesanti il porto è collegato alla rete autostradale.